Les zones vulnérables sont désignées en fonction des masses d'eau pour les eaux souterraines.
Dès lors que la teneur en nitrates d'un point d'une masse d'eau souterraine répond aux critères mentionnés au 1° du I et au 1° du II de l'article R. 211-76 du code de l'environnement, la totalité de la masse d'eau souterraine est considérée comme atteinte par la pollution par les nitrates ou susceptible de l'être et l'ensemble des communes dont une partie du territoire est sus-jacent à la masse d'eau sont désignées comme zone vulnérable.
Toutefois si un fonctionnement hydrogéologique différencié au sein de la masse d'eau peut justifier une compartimentation de la masse d'eau, seules les communes dont une partie du territoire est sus-jacent au compartiment de la masse d'eau atteint par la pollution par les nitrates ou susceptible de l'être sont désignées comme zone vulnérable.