Le Conseil national de l'innovation pour la réussite scolaire siège au moins deux fois par an. Il peut également se réunir, à la demande du ministre, de son président ou de la majorité de ses membres. Il fixe chaque année son programme et ses modalités de travail, notamment la création de groupes de travail spécifiques. En fonction de ce programme, l'ordre du jour des réunions est fixé par le président qui convoque les participants.