Les modalités de fonctionnement des classes à horaires aménagés font l'objet d'une convention signée entre la ou les collectivités territoriales, l'institution ou l'association concernée et soit l'inspecteur d'académie, directeur des services départementaux de l'éducation nationale, pour l'école élémentaire, soit le chef d'établissement, après accord du conseil d'administration du collège. Pour les établissements d'enseignement privé du premier et du second degré la convention est signée également par le directeur de l'établissement.