Les contrôles mentionnés au deuxième alinéa de l'article R. 653-33 du code rural et de la pêche maritime portent :

-sur l'efficacité du fonctionnement de l'organisme de sélection, notamment sur sa capacité à maîtriser la tenue des généalogies et sur sa capacité à gérer l'ensemble des informations nécessaires à la tenue du livre généalogique ou du registre zootechnique ;
-et, d'une façon générale, sur le respect des engagements pris par l'organisme de sélection lors de sa demande d'agrément, notamment en termes de gestion raisonnée des ressources zoogénétiques concernées, et sur le respect de la réglementation zootechnique applicable.