La commission régionale paritaire se réunit, au moins trois fois par an, sur convocation du directeur général de l'agence régionale de santé, ou de son représentant en cas d'empêchement de celui-ci. Elle est également convoquée à la demande de la moitié de ses membres.

L'ordre du jour est arrêté par le directeur général de l'agence régionale de santé, ou son représentant en cas d'empêchement de ce dernier. A la demande de la moitié des membres de la commission un ou plusieurs sujets peuvent être inscrits à l'ordre du jour d'une réunion. L'ordre du jour est communiqué aux membres de la commission au moins huit jours avant la réunion. Lorsque la commission régionale paritaire se voit confier une action de conciliation en matière de gestion des praticiens ou de prévention des conflits, ce délai peut être réduit, sans pouvoir être inférieur à un jour franc.