Le service du haut fonctionnaire de défense est chargé, au sein du ministère, de s'assurer de l'application des dispositions relatives à la protection du secret de la défense nationale, à la sécurité des systèmes d'information et à la définition de la politique de protection des personnes, des biens et des activités.
Il est chargé, pour ce qui relève de la responsabilité du ministre de l'intérieur, de la mise en œuvre de la politique de sécurité dans les secteurs d'activité d'importance vitale et de l'application du plan gouvernemental de vigilance, de prévention et de protection. Il s'assure de leur application territoriale.
Il anime le dispositif territorial d'intelligence et de sécurité économiques.
Pour l'ensemble de ses missions, il s'appuie sur les préfets de zone de défense et de sécurité.