Les opérations de recettes et de dépenses du compte d'affectation spéciale Fonds de péréquation des transports aériens sont exécutées, conformément aux dispositions du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, par un agent comptable nommé conjointement par arrêté du ministre de l'économie, des finances et du Plan et du ministre chargé de l'aviation civile.