L'établissement public est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président du directoire après avis de l'agent comptable principal.

La comptabilité analytique est tenue par l'agent comptable ou sous son contrôle, selon un plan établi par le président du directoire et approuvé par les ministres de tutelle et le ministre chargé du budget.

Elle permet de distinguer les opérations réalisées pour le compte de l'Etat et celles réalisées pour le compte d'autres donneurs d'ordres.

Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé aux ministres de tutelle.