La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion assurée selon les règles du droit privé, sauf si les parties contractantes ont fait le choix de la gestion publique dans la convention constitutive ou si le groupement est exclusivement constitué de personnes morales de droit public.

Dans ces deux dernières hypothèses, les dispositions du I de l'article 7 du décret n° 2012-91 du 26 janvier 2012 relatif aux groupements d'intérêt public sont applicables au groupement. Dans ce cas, sauf dispositions particulières prévues dans la convention constitutive, l'agent comptable est alors nommé conformément aux dispositions du II de l'article 7 du décret n° 2012-91 du 26 janvier 2012 relatif aux groupements d'intérêt public.