Le président délégué désigné par le Premier ministre peut percevoir des indemnités liées à l'exercice de sa fonction. Les frais occasionnés au président délégué, aux membres, aux correspondants ainsi qu'aux experts par leurs déplacements dans le cadre des travaux du Conseil d'analyse économique leur sont remboursés dans les conditions prévues par le décret du 28 mai 1990 susvisé.
Décret 2006-781 du 3 juillet 2006 art. 12 X : Dans tous les textes où il est fait mention, pour les déplacements temporaires, des décrets des 12 mars 1986, 12 avril 1989, 28 mai 1990 et 22 septembre 1998, ces références sont remplacées par celles du présent décret à compter du 1er novembre 2006.