En cas de traitement des effluents dans une station d'épuration propre à l'installation, une analyse de l'azote et du phosphore contenus dans les boues et les produits issus du traitement des effluents est réalisée annuellement.
En cas de rejet dans le milieu naturel, le point de rejet de l'effluent traité dans le milieu est unique et aménagé en vue de pouvoir procéder à des prélèvements et à des mesures de débit utilisant soit un seuil déversoir dans un regard spécialement aménagé à cet effet, soit une capacité de volume connu. Des mesures du débit et des analyses permettant de connaître la DCO, la DBO5, les MES, le phosphore et l'azote global (NGL) de l'effluent rejeté dans le milieu naturel sont faites aux frais de l'exploitant au minimum une fois par semestre.
Les résultats de ces analyses sont conservés cinq ans et présentés à sa demande à l'inspecteur des installations classées.