Le chef d'état-major des armées assure la coordination du soutien matériel des cultes incombant aux forces armées. A ce titre, il veille à un traitement égal entre les cultes dont les aumôneries ont été organisées au sein des forces armées par arrêtés du ministre de la défense.

Pour l'organisation du service des cultes, l'aumônier en chef de chaque culte est placé auprès du chef d'état-major des armées. Il peut être assisté au maximum de quatre adjoints placés auprès des chefs d'états-majors de chaque armée et du directeur général de la gendarmerie nationale. Un aumônier de zone de défense de chaque culte peut être placé auprès des officiers généraux de zone de défense.

La direction centrale du service du commissariat des armées assiste le chef d'état-major des armées et les aumôniers en chef pour l'exercice de leurs attributions.