La Caisse des dépôts et consignations assure la gestion administrative, comptable et financière du fonds dans les conditions fixées par convention conclue, après approbation par le conseil de gestion, entre l'Etat représenté par le ministre chargé de la jeunesse, président du conseil de gestion, et le directeur général de la Caisse des dépôts et consignations. Les frais de gestion exposés par la Caisse des dépôts et consignations sont pris en charge par le fonds dans les conditions fixées par la convention.
La caisse ouvre dans ses écritures un compte particulier, au nom du fonds, où elle enregistre les opérations de dépenses et de recettes du fonds.