Le conseil supérieur se réunit au moins deux fois par an à l'initiative de son président. Il est également convoqué par son président dans les deux mois suivant la demande écrite présentée par un tiers de ses membres en vue de l'examen de toute question relative à la fonction publique des communes de la Polynésie française. Le président peut réunir préalablement la formation spécialisée du conseil supérieur compétente.
Le conseil supérieur se réunit pour la première fois à la diligence du haut-commissaire de la République en Polynésie française.
Le Conseil supérieur de la fonction publique des communes de la Polynésie française arrête son règlement intérieur dans les trois mois qui suivent l'élection de son président.