Chaque commission administrative paritaire établit son règlement intérieur dans les trois mois qui suivent l'élection de son président. Ce règlement intérieur est approuvé par le conseil d'administration du centre de gestion et de formation lors de sa réunion suivante et transmis par ce dernier aux communes, aux groupements de communes et aux établissements publics administratifs relevant des communes de la Polynésie française.
Le secrétariat est assuré par un représentant des communes, des groupements de communes ou des établissements publics administratifs relevant des communes de la Polynésie française désigné par le centre de gestion et de formation.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans le délai d'un mois à compter de la date de séance, aux membres de la commission. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres de la commission lors de la séance suivante.