L'activité des missions de défense s'exerce conformément aux dispositions du décret du 1er juin 1979 susvisé, et en particulier des articles 2 et 6 de ce décret.
Dans ce cadre, le ministre de la défense détermine les règles selon lesquelles la mission de défense correspond avec le ministère de la défense ou, sous son couvert, avec d'autres administrations, organismes et services.