Dans chaque institut, un médecin enseignant dans celui-ci est agréé en qualité de conseiller scientifique par le préfet de région, sur proposition du directeur, après avis du conseil technique et du Conseil supérieur des professions paramédicales. A ce titre, il participe, au sein de l'équipe pédagogique, à l'élaboration du projet pédagogique et garantit la qualité des enseignements médicaux. Il est membre de droit du conseil technique.

A titre transitoire, les agréments en qualité de directeur délivrés à des médecins sont prorogés jusqu'à la date de cessation de leurs fonctions. Jusqu'à cette date les intéressés assurent également de droit la fonction de conseiller scientifique. A la même date, les pédicures-podologues qui exercent les fonctions de directeur technique sont agréés de droit en qualité de directeur.