Dans le cadre des directives générales données par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture après avis du conseil spécialisé des produits de la mer, de l'aquaculture et de la pêche professionnelle en eau douce de FranceAgriMer., et dans les limites de la dotation disponible, le comité de direction dispose en matière d'engagement de la garantie du fonds des plus larges pouvoirs d'appréciation.

Il fixe, pour chaque opération, les conditions qu'il juge utile d'exiger des demandeurs ainsi que les caractéristiques des engagements pris par le fonds. Il précise notamment le type de garantie et de contre-garantie à apporter ainsi que le montant de l'engagement du fonds, sa durée et les conditions éventuelles de son renouvellement.

Il arrête le taux des commissions à verser par les bénéficiaires de la garantie.