Afin d'éviter le ruissellement des eaux extérieures aux aires de stockage de déchets d'extraction sur le site lui-même, un fossé extérieur de collecte, dimensionné pour capter au moins les ruissellements consécutifs à un événement pluvieux de fréquence décennale, est mis en place.
Les eaux de ruissellement intérieures aux aires de stockage de déchets d'extraction passent, avant rejet dans le milieu naturel, par des bassins de stockage étanches, dimensionnés et implantés de façon appropriée pour permettre une décantation et un contrôle de leur qualité.