Des projets d'innovation et de partenariat sélectionnés chaque année à l'issue d'un appel à projets sont intégrés au programme national pluriannuel de développement agricole et rural.

Après avoir recueilli l'avis de la commission mentionnée à l'article D. 821-1 du code rural et de la pêche maritime, le ministre chargé de l'agriculture arrête et publie une liste de thèmes de recherche appliquée, d'expérimentation ou de diffusion de connaissances, susceptibles de faire l'objet d'une participation financière du compte d'affectation spéciale " développement agricole et rural ". Cette liste est assortie des critères d'évaluation des projets.

L'appel à projets est lancé par le ministre chargé de l'agriculture. Les projets lui sont transmis. Après les avoir fait évaluer et classer par un jury d'experts qu'il nomme par arrêté, il désigne les lauréats de l'appel à projets.