L'Agence pour l'amélioration des conditions de travail est administrée par un conseil d'administration qui comprend en nombre égal :

Des représentants des organisations d'employeurs les plus représentatives sur le plan national ;

Des représentants des organisations syndicales de travailleurs les plus représentatives sur le plan national ;

Des représentants des ministres intéressés et des personnes qualifiées dans les domaines définis à l'article 1er de la présente loi.

En outre, participent au conseil d'administration, à titre consultatif, un représentant de chacune des commissions chargées des affaires sociales au Parlement, ainsi qu'un représentant de la section chargée des affaires sociales au Conseil économique, social et environnemental.

Le conseil d'administration de l'agence élit parmi ses membres un président.

Celui-ci est assisté par un directeur qui est nommé par le ministre du travail, de l'emploi et de la population.