Le commissaire du Gouvernement auprès du groupement d'intérêt public est nommé par le haut-commissaire de la République en Nouvelle Calédonie.
Le commissaire du Gouvernement ou son représentant assiste, avec voix consultative, aux séances de toutes les instances de délibération et d'administration du groupement.
Il a communication de tous les documents relatifs au groupement, droit de visite dans les locaux appartenant au groupement ou mis à disposition et droit de veto suspensif de quinze jours pour les décisions qui mettent en jeu l'existence ou le bon fonctionnement du groupement. Pendant ce délai, l'autorité qui a pris la décision procède à un nouvel examen.
Il informe les administrations dont relèvent les établissements publics membres du groupement.
Il adresse chaque année au ministre chargé de l'outre-mer un rapport sur l'activité et la gestion du groupement.
Le groupement peut recruter des personnels propres qui s'ajoutent au personnel mis à sa disposition ou détaché auprès de lui. Ces recrutements sont soumis à l'approbation du commissaire du Gouvernement.