L'origine des messages électroniques transmis par l'EPELFI est garantie à l'aide d'une signature électronique créée par un dispositif sécurisé qui relève de l'autorité de certification AMALFI et remplit les conditions mentionnées à l'article 3 du décret du 30 mars 2001 susvisé.
L'EPELFI met à disposition sur son site internet la chaîne des autorités de certification permettant de contrôler que le certificat utilisé provient bien de l'autorité de certification AMALFI. L'intégrité et la signature des documents transmis par l'EPELFI peuvent également être vérifiées par le destinataire à l'aide d'une fonction accessible depuis le système AMALFI.