Pour assurer ses missions, le haut fonctionnaire de défense dispose du service du haut fonctionnaire de défense chargé de l'étude de la coordination et de la centralisation des questions relatives à la défense non militaire.

Placé sous l'autorité du haut fonctionnaire de défense, ce service travaille en liaison avec le secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale et les autres ministères civils.

Le haut fonctionnaire de défense bénéficie en tant que de besoin du concours des directions du ministère et du cabinet militaire.