Les élections aux différents conseils ont lieu au scrutin de liste à un tour, sans panachage ni vote préférentiel, à la représentation proportionnelle avec répartition des sièges restant à pourvoir selon la règle de la plus forte moyenne. Toutefois, les élections des membres du conseil des enseignants et les élections visant à pourvoir un seul siège ont lieu au scrutin uninominal majoritaire à deux tours.
Pour toutes les élections, les fonctionnaires stagiaires en formation dans l'établissement sont assimilés aux étudiants.
Chaque représentant élu dispose d'un suppléant. Le vote peut avoir lieu par correspondance ou par procuration.
Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture précise les conditions d'exercice du droit de suffrage, les conditions d'éligibilité et les modalités de déroulement et de régularité des scrutins.