La direction de l'architecture et du patrimoine comprend, sous l'autorité du directeur de l'architecture et du patrimoine, assisté d'un directeur chargé de l'architecture :

- l'inspection générale de l'architecture et du patrimoine ;

- le secrétariat général ;

- la sous-direction de l'architecture et du cadre de vie ;

- la sous-direction de l'enseignement de l'architecture, de la formation et de la recherche ;

- la sous-direction de l'archéologie, de l'ethnologie, de l'inventaire et du système d'information ;

- la sous-direction des monuments historiques et des espaces protégés ;

- le département de la communication et de la documentation.

Le directeur adjoint assiste le directeur de l'architecture et du patrimoine et le directeur chargé de l'architecture.

La médiathèque de l'architecture et du patrimoine et le musée des plans-reliefs sont rattachés au directeur de l'architecture et du patrimoine ainsi que, conjointement au directeur des musées de France, le musée et le domaine national de Fontainebleau et le musée et le domaine national de Compiègne.