La commission est présidée par le premier président de la Cour des comptes ou son représentant.
Elle élabore un règlement intérieur.
Le secrétariat de la commission est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint. Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint, et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.