Il est créé une commission permanente de la Commission nationale des enseignants-chercheurs composée des bureaux de l'ensemble des sections. Les membres de la commission permanente élisent en leur sein, au scrutin uninominal majoritaire à deux tours, un bureau composé d'un président, et de vice-présidents. En cas d'absence ou d'empêchement du président celui-ci est suppléé par un vice-président.

La commission permanente veille à favoriser la coopération entre les différents champs disciplinaires. Elle élabore un règlement intérieur définissant les mesures propres à garantir la qualité, la transparence et la publicité des procédures mises en œuvre par les sections de la Commission nationale des enseignants-chercheurs du ministère chargé de l'agriculture en matière de recrutement, d'évaluation, de composition des jurys et de mesures relatives à la carrière des enseignants-chercheurs.

Ces critères et procédures prennent en compte la diversité des missions incombant aux enseignants-chercheurs ainsi que la diversité des champs disciplinaires.