La direction générale de l'aviation civile, outre le cabinet, comprend :
― la direction du transport aérien ;
― le secrétariat général.
La direction des services de la navigation aérienne et la direction de la sécurité de l'aviation civile sont rattachées au directeur général de l'aviation civile, en tant que services à compétence nationale.
La mission de l'aviation légère, générale et des hélicoptères et l'organisme du contrôle en vol sont rattachés au directeur général de l'aviation civile.

Le directeur du transport aérien est l'adjoint du directeur général. Il l'assiste en tant que de besoin et le supplée pour l'ensemble de ses attributions.