En application de l'article L. 221-2 du code rural, les indemnités de l'Etat prévues aux articles 7, 8 et 9 du présent arrêté doivent être versées au propriétaire des animaux.
Dans le cas où le détenteur des animaux n'en est pas le propriétaire, il ne peut pas prétendre au bénéfice des indemnités, sauf s'il fournit au directeur des services vétérinaires une décharge écrite, à son profit, signée par le propriétaire et certifiée conforme par le maire de la commune.
Lorsqu'un litige survient en ce qui concerne la propriété des animaux éliminés, les indemnités correspondantes doivent être consignées auprès de la Caisse des dépôts et consignations jusqu'au règlement amiable ou judiciaire du litige précité.
En ce qui concerne les troupeaux constitués à la fois d'animaux loués et d'animaux entretenus en pleine propriété par l'éleveur, les indemnités d'abattage sont versées aux différents ayants droit pour les seuls animaux leur appartenant, sur présentation au directeur des services vétérinaires de pièces justificatives authentifiant leur propriété.