Le président et le vice-président sont élus pour deux ans et choisis alternativement parmi les représentants des employeurs et ceux des salariés.

Le président est assisté, lorsqu'il est employeur, d'un vice-président salarié et inversement. La première présidence est déterminée par le sort.

Le président ou, s'il n'est pas disponible, le vice-président peut être amené à exposer les travaux de la commission devant d'autres instances consultatives ou devant les services du ministère.

Il veille à l'exécution et la présentation d'un rapport annuel au ministre chargé de la formation professionnelle, sur les activités de la commission.