Le secrétariat du comité de direction du fonds est assuré par le directeur de FranceAgriMer ou son représentant. Il assure notamment la convocation aux réunions des membres du comité. Ce dernier se réunit aussi souvent que nécessaire, et au moins une fois par an, pour arrêter le bilan du fonds relatif à l'exercice écoulé.

Le directeur de FranceAgriMer peut consulter par écrit le comité de direction pour une décision d'engagement.

Un procès-verbal est rédigé à l'issue de chaque consultation ; il est approuvé par les membres du comité.

La réunion du comité est de droit si elle est demandée par l'un des membres. Sauf circonstances exceptionnelles, elle se tient dans les quinze jours suivant la réception de la demande de réunion ou secrétariat du comité.