La commission paritaire d'avancement et de discipline élabore son règlement intérieur qui est soumis à l'approbation du directeur de la fonction militaire et du personnel civil.

Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut n'être pas membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.

Un procès-verbal est établi après chaque séance.