La commission siège en assemblée plénière.
Lorsqu'elle siège en formation disciplinaire, seuls les membres titulaires ou suppléants représentant la catégorie à laquelle l'intéressé appartient peuvent délibérer ainsi qu'un nombre égal de représentants de l'administration.
Un représentant du personnel ne peut prendre part aux délibérations de la commission lorsque celle-ci est appelée à statuer sur son cas. Il est alors remplacé par un membre suppléant. Dans le cas où ni le représentant titulaire ni le représentant suppléant ne peuvent valablement siéger, il est fait application de la procédure de tirage au sort.