Chaque unité est dirigée par un directeur nommé par le ministre de l'éducation nationale après avis du conseil.
Le directeur est choisi dans l'une des catégories de personnels qui ont vocation à enseigner dans ces unités. Il est nommé pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois. Cependant, si l'intérêt du service l'exige, le ministre de l'éducation nationale peut le proroger dans ses fonctions, à titre exceptionnel, pour une troisième période de même durée, après avis du conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche.
Le directeur représente l'unité à l'égard des tiers. Il est responsable de l'ordre dans les locaux et enceinte de l'unité qu'il dirige. Il assume de droit la présidence du conseil scientifique de l'unité prévu par l'article 13 (4e alinéa) de la loi du 12 novembre 1968 susvisée.