Les matières d'origine animale recueillies lors du prétraitement des effluents liquides, en particulier les refus de dégrillage et de tamisage, sont traitées et/ou éliminées selon les dispositions réglementaires en vigueur.

Les boues issues des installations traitant des sous-produits de catégorie 3, et, par dérogation préfectorale, les boues produites par les stations d'épuration des eaux ayant subi un prétraitement tel que défini au point I de l'article 36 dans la mesure où l'exploitant s'assure que ces boues ne représentent pas un risque pour la santé humaine, la santé animale et l'environnement, peuvent être épandues selon les dispositions prévues à l'annexe II ou valorisées selon les dispositions réglementaires en vigueur.