Un conseil de coordination de la formation, un collège des professeurs et un conseil d'instruction assistent le directeur de l'Ecole du Val-de-Grâce, dans l'exercice de ses attributions.
Le conseil de coordination de la formation élabore les grandes orientations pédagogiques dans le domaine des formations initiales, continues et d'adaptation à l'emploi.
Le collège des professeurs est chargé de proposer les modalités de la formation, d'élaborer les programmes pédagogiques et leur mise en œuvre. Il veille au maintien de la capacité de formation des services agréés.
La composition et la désignation des membres du conseil de coordination de la formation et du collège des professeurs sont précisées par arrêté du ministre de la défense.