Il est institué auprès du directeur général un conseil scientifique chargé d'éclairer les choix en matière de formation, de favoriser l'enrichissement permanent des formations mises en oeuvre, par l'intégration des avancées de la connaissance dans les champs des sciences juridiques, sociales et humaines. Il est consulté notamment sur les contenus de formation.

Le conseil scientifique est composé de seize membres, nommés par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, selon les modalités suivantes :

Deux membres du corps de l'enseignement supérieur, désignés sur proposition des présidents de deux universités choisies par le directeur de la protection judiciaire de la jeunesse ;

Un membre désigné sur proposition du directeur de l'Ecole nationale de la santé publique ;

Un membre désigné sur proposition du directeur de l'Ecole nationale de la magistrature ;

Un membre désigné sur proposition du directeur de l'Ecole nationale de l'administration pénitentiaire ;

Un membre désigné sur proposition du directeur de l'Ecole nationale des greffes ;

Un membre désigné par le directeur de la protection judiciaire de la jeunesse ;

Neuf membres désignés sur proposition du directeur général de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse, parmi des personnes qualifiées dans les domaines de la recherche en sciences humaines, sociales et juridiques, en clinique et en philosophie, et parmi les représentants des principaux partenaires de la protection judiciaire de la jeunesse.

Le conseil scientifique est présidé par le directeur général de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse .