La prime d'encadrement doctoral et de recherche ne peut être accordée qu'aux personnels accomplissant l'intégralité de leurs obligations statutaires de service.

Les agents autorisés à effectuer un cumul d'emplois ne peuvent bénéficier de la prime d'encadrement doctoral et de recherche. Les agents qui bénéficient d'un cumul de rémunérations ne peuvent percevoir cette même prime, sauf dérogation accordée dans des conditions fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, du budget et de la fonction publique.