Le Conseil supérieur est assisté dans ses travaux par des commissions dont la liste et la composition sont fixées par arrêté du ministre de l'agriculture.

Les présidents des commissions sont nommés par arrêté du ministre de l'agriculture après avis du président du Conseil supérieur.

Le président de chaque commission peut faire intervenir des experts dans des groupes de travail spécifiques aux domaines étudiés.