Jusqu'à la mise en place du conseil d'université et les nominations de l'administrateur provisoire et de l'agent comptable, la gestion de l'université de La Rochelle est assurée par l'université de Poitiers sur des crédits spécifiques notifiés à cet effet.

Jusqu'à la nomination de l'administrateur provisoire, un chargé de mission nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, assure les fonctions d'ordonnateur secondaire de ces crédits.