Le département voies navigables et eau (DVNE) exerce les missions du centre pour ce qui concerne :

- l'aménagement et l'exploitation technique des voies navigables et des ports fluviaux ;

- la gestion et l'aménagement des cours d'eau ;

- la conception, l'entretien et la restauration des ouvrages des voies navigables, des ports fluviaux et des cours d'eau ;

- l'hydrologie, l'hydraulique et la sédimentologie fluviales ;

- les questions relatives à l'électromécanique, aux matériaux et à la protection des ouvrages contre la corrosion, pour l'ensemble des domaines d'activité du centre ;

- les questions relatives à l'environnement, pour l'ensemble des domaines d'activité du centre.