Les mandats de maîtrise d'ouvrage mentionnés au cinquième alinéa de l'article 1er de la loi du 13 février 1997 précitée portent soit sur un ensemble de travaux concernant une catégorie particulière d'ouvrage, soit sur une opération globale d'aménagement ou de développement du réseau. Ces mandats précisent le programme des travaux et les enveloppes financières prévisionnelles, ainsi que les conditions de rémunération prévues.

Afin d'assurer la sécurité des personnes et des circulations, la SNCF se voit confier par Réseau ferré de France une mission de maîtrise d'oeuvre pour les opérations sur le réseau en exploitation.