Le président du directoire est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la santé, de la consommation et de la recherche pour une durée de trois ans. Il préside également le conseil d'orientation. Il est choisi en raison de ses compétences scientifiques.

Le président peut se faire assister par un secrétaire général nommé par le directoire qui participe, en tant que de besoin, aux réunions du directoire et du conseil d'orientation.