Dans le cas d'un transit direct de frontière à frontière, à l'exclusion des transits ayant lieu exclusivement dans les eaux territoriales, le document de suivi revêtu du certificat d'autorisation est présenté en deux exemplaires à chacun des deux bureaux de douane d'entrée et de sortie.

Le service de ces bureaux vise les deux exemplaires du document de suivi (en case 35 s'il y a sortie définitive du déchet du territoire douanier de la Communauté), en remet un à l'intéressé et transmet l'autre au ministre chargé de l'environnement.