Le montant de la participation nécessaire à la délivrance de l'agrément comprend pour chaque laboratoire :

- une partie fixe correspondant aux frais de gestion, à la préparation de l'essai interlaboratoires et au coût des visites de contrôle ;

- une partie variable, fixée pour chaque type d'agrément sollicité, qui correspond au coût de l'achat, de la préparation, du suivi et de l'expédition des échantillons aux laboratoires.

Cette participation est notifiée par le directeur de l'eau, après rapport auprès de la commission d'agrément, lors de l'acceptation du laboratoire à participer à l'essai interlaboratoires.

Elle est versée l'année de la campagne d'analyses à l'organisme chargé par le ministre de l'environnement de son organisation.