L'observatoire de l'eau établit son règlement intérieur. Son secrétariat est assuré conjointement par la direction de l'eau et par la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes.

Un bureau permanent est chargé d'animer les travaux menés par l'observatoire de l'eau et de recueillir les données disponibles auprès des administrations et organismes concernés.