Sont classées zones de protection intégrale :

A Kerguelen :

Côte ouest de la péninsule Rallier du Baty, limitée par l'arête Jérémine depuis la côte sud de Kerguelen, la ligne de crête passant par le pic Saint-Allouarn, les monts Henri et Raymond Rallier du Baty, le Bicorne, le glacier Cuvier, le col Glacé, le mont Porthos, le mont Double, la table de l'Institut, le pic Joliot-Curie, le col de la Tuyère, le mont Gay-Lussac, le pied du glacier Lavoisier, le Podium, le pied du glacier Descartes et jusqu'à la côte de l'entrée est de la baie du Young Williams ;

Iles Nuageuses ;

Iles Leygues ;

Ile Clugny ;

Ile de l'Ouest ;

Ile Saint-Lanne-Grammont ;

Ile Foch ;

Iles du golfe du Morbihan (Hoskyn, Pender, Bryer, Blackeney, Greak, Suhm, Antarès).

A Crozet :

Ile de l'Est ;

Ile des Pingouins ;

Ilots des Apôtres ;

Ile aux Cochons.

A Saint-Paul :

L'intégralité de l'île.