Les députés et les sénateurs sont désignés par leur assemblée respective. Leur mandat prend fin de plein droit à l'expiration du mandat national au titre duquel ils ont été désignés.

Les autres membres du Comité national de l'initiative française pour les récifs coralliens sont nommés pour trois ans par arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement et du ministre chargé de l'outre-mer, sur proposition du ministre ou de l'organisme qu'ils représentent.

Le mandat des membres du Comité national de l'initiative française pour les récifs coralliens est renouvelable.

Les membres dont le mandat viendrait à être interrompu pour quelque cause que ce soit sont remplacés dans leurs fonctions dans un délai de deux mois. Le mandat des nouveaux membres ainsi nommés expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leur prédécesseur.