En cas de maladie, de grave maladie, d'accident du travail ou de maladie professionnelle, les agents sont soumis aux dispositions du décret n° 80-552 du 15 juillet 1980 susvisé.

Cependant, en matière de congés de maladie, les agents bénéficient de deux mois à plein traitement et de deux mois à demi-traitement après deux ans de service. Si à l'issue de ces congés, l'agent n'est pas apte à reprendre son activité, il est mis en position de congé sans traitement pendant un an avant qu'intervienne le licenciement d'office. Durant cette période, il bénéficie d'une priorité de réemploi.